Rootkits zijn de meest gevaarlijke en lastigste vormen van programma's. Rootkits verbergen namelijk bestanden. Opzich zijn rootkits niet gevaarlijk, maar ze worden vaak door crackers gebruikt om virussen, cracker gereedschap en spyware te verbergen. Het probleem is dat rootkits inbreken in het systeem en het overhoop gooien, zodat jij niet kan zien dat er een rootkit op jouw computer zit, en ook de verborgen bestanden zie je niet.
Een goed voorbeeld van de schadelijkheid van rootkits zijn de Sony CD's. Sony verspreidde CD's die een rootkit installeerden als je ze in je computer stak. Toen dit een paar maanden later uitlekte was de reputatie van Sony ernstig geschaad: De rootkit was alleen om de Sony bestanden tre verbergen, maar crackers konden er ook gebruik van maken om hun bestanden te verbergen. Gelukkig zag Sony zijn fout in en haalde de rootkit's van de CD, en bracht een uninstaller uit voor de mensen die waren geinfecteerd.
